#Laborbuch

2025-03-25

Vortrag für das @daphne -Jahrestreffen: #snip, unser #ELN elektronisches #Laborbuch.

DAta from PHoton and Neutron Experiments hat ein Whitepaper [1] veröffentlicht, welche Funktionalitäten unser diverses Feld mit locker 30, 40 experimentellen Techniken benötigt. In diesem Vortrag stelle ich die Wünsche und den aktuellen Stand von snip vor.

[1] doi.org/10.1080/08940886.2024.

Vortragsfolie, Titelseite.

snip – Markus Osterhoff et al.,  Uni Göttingen; vorgestellt beim DAPHNE4NFDI Annual Meeting.

Foto eines Tablets mit Stift, angezeigt wird eine Seite eines Laborbuches mit Grafik und handgeschriebenem Text.

Darunter:
Acknowledgements: Jan Goeman, DFG (SFB 1456), CIDAS
Daneben:
Outline, tabellearische Übersicht
DAPHNE | snip
Whitepaper | Status
Specifiactions | Capablities, wishes
2025-03-24

Hier unser Poster zur @daphne@nfdi.social-Jahrestagung: #snip, das digitale Laborbuch #ELN.

* Snip ist ein digitales #Laborbuch, das handgeschriebene #Notizen mit digitalen Experimentdaten kombiniert.

* Ziel ist die standardisierte und strukturierte #Dokumentation wissenschaftlicher Arbeiten.

* Das System ersetzt papierbasierte Arbeitsweisen durch authentische digitale Kopien.

Poster: „Snip – Implementation of a users’ lab book“
Sebastian B. Mohr, Markus Osterhoff, Sarah Köster; Universität Göttingen

Einleitung
- Snip ist ein digitales Laborbuch, das handgeschriebene Notizen mit digitalen Experimentdaten kombiniert
- Das System ersetzt papierbasierte Arbeitsweisen durch authentische digitale Kopien

Snippets als Bausteine
- Snip basiert auf einem System modularer hierarchischer Snippets
- Diese Snippets sind individuell auf Visualisierungsbedürfnisse zugeschnitten
- Visualisierte Beziehungen zwischen Snippets zeigen deren Vererbung und Erweiterbarkeit

Multi-Service-Architektur
- Die Architektur ist skalierbar und dynamisch anpassbar

Authentifizierung mit Session-Cookies
- Authentifizierung erfolgt via E-Mail/Passwort oder ORCID

Datenvalidierung mit JSON-Schemas
- JSON-Schemas dienen als Ontologien für Snippets, was strukturierte API-Kommunikation und interne Validierung ermöglicht
- Auch CURL-Requests und Python-API-Befehle zur Übertragung von Snippets sind abgebildet

Zugriffsrechte und ACL-System
- Access Control Lists (ACLs) ermöglichen differenzierte Rechtevergabe
- Diagramm zeigt Datenbankstruktur mit Gruppen, Benutzern und Rechten

Performance und Nutzungsstatistik
- Erfasst werden Request-Zeiten, Ressourcen-Zugriffe, Datenspeicherung
- Boxplot-Diagramm: mittlere Antwortzeit ca. 12 ms

Roadmap
- Markdown-Support: experimentell
- Relationen zwischen Büchern: experimentell
- Öffentliche APIs: geplant
2024-12-10

@daphne @NFDI

Hier stellen wir unsere Weiterentwicklungen am #ELN #Laborbuch #snip vor: sci.photos/QR/DAPHNE24/

Vorschau eines Posters, Titel: "User Centric Paradigm – Documenting Non-Linead Discussions and Experiments"; eine Grafik zeigt, wie das elektronische Laborbuch die Diskussion der Wissenschaftler*Innen dokumentiert und über Bilder/Texte/strukturierte Daten und Hyperlinks zum Experiment / Daten/Kataloge verbindet.
2024-09-24

Unser Poster heute bei der #FDMatCampus, Elektronisches #Laborbuch snip:

Snip unterstützt die Dokumentation nicht-linearer Diskussionen und Experimente. Im Gegensatz zu strikt formalisierten und linearen Messungprotokollen betont snip, dass der Fortschritt von Experimenten oft durch Diskussionen und unerwartete Entscheidungen geprägt ist. Ziel ist es, den erratischen und diskursiven Charakter solcher wissenschaftlichen Arbeiten zu berücksichtigen.

sci.photos/QR/FDM24/

#FDM #RDM #ELN #snip

Vorschau des Posters; für Details siehe Webseite.
2024-03-12

Der nächste Streich unseres „Wissenschaftsnarren“
@dirnagl vorab online:

"Zeig mir Dein Laborbuch, …" — Laborbücher spiegeln die Qualität der Forschung. Ein Plädoyer für das elektronische #Laborbuch (ELN), auch um #Forschung besser zu machen …

👉 laborjournal.de/editorials/295

Zeichnung des Kopfes eines Narren mit Narrenkappe als Symbolbild. Rechts daneben Überschrift und Vorspann des im Post verlinkten Artikels.
ULB Münster › FachInfosULB_MS_FachInfo@openbiblio.social
2024-02-06

eLab – die neue elektronische Laborbuchlösung für die Uni Münster: uni-muenster.de/Forschungsdate
Mit diesem Angebot unseres Service Center for Data Management (SCDM) können wissenschaftliche Experimente elektronisch dokumentiert werden.
#eLabFTW #Laborbuch #Forschungsdaten #FDM

2024-01-25

When you curate or support an #ELN, you need to monitor user behaviour. Sometimes users start to misuse a tool. Or they don’t understand how the tool should be used.

Here I visualised project creation over time per user. And one user did not use the tool according to its design. 90 ELN projects would compare to 90 lab notebooks.

#Laborbuch #elektronischeslaborbuch #ELB

a diagram showing project creation over time. One user creates many projects
2024-01-24

Och, im Zeitstress den Link vergessen und dann trotzdem/auch noch ganz hinten in der Kaffeeschlange gestanden und nichts mehr bekommen …
Also nochmal:

snip – User Centric Collaborative #ELN #Laborbuch

Unser Poster beim #UM24 Nutzerinnentreffen vom #EuXFEL #Röntgen-Laser und dem #DESY-#Synchrotron, 2 hochbrillante Strahlungsquellen für modernste #Forschung:

sci.photos/QR/UM24/

2024-01-24

snip – User Centric Collaborative #ELN #Laborbuch

Unser Poster beim #UM24 Nutzerinnentreffen vom #EuXFEL #Röntgen-Laser und dem #DESY-#Synchrotron, 2 hochbrillante Strahlungsquellen für modernste #Forschung.

Werbe-Tröt:
„Snip revolutioniert das Labor: Ein elektronisches Laborbuch für kreative Köpfe! Intuitive APIs, Echtzeit-Kollaboration und ein modulares Design unterstützen die Dokumentation von Experimenten. Perfekt für interdisziplinäre Teams!“

Siehe umfangreiche Bildbeschreibungen [GPT4].

Das Poster beschreibt "Snip – User Centric Collaborative ELN", ein elektronisches Laborbuchsystem (ELN), das speziell für die Dokumentation nicht-linearer Diskussionen und Experimente entwickelt wurde. Es betont die Bedeutung der Nutzerzentrierung für kreative und kollaborative wissenschaftliche Arbeiten. Hier sind die Hauptpunkte:

– User Centric Paradigm: snip fördert eine kreative und kollaborative Arbeitsweise durch die Integration von computererzeugten Inhalten, handschriftlichen Anmerkungen und Echtzeitkommunikation.

– Curated Lab Book: Das ELN zielt darauf ab, den experimentellen Zustand durch API-Integration in Kontext zu setzen, einschließlich Parameter, Bilder, URLs und handgeschriebene Notizen, um verständliche "Snips" für die Diskussion und Perspektive zu liefern.

– Closing the Loop: Der Prozess schließt den Kreis von Experimenten zu Gedanken, Entscheidungen und wieder zurück zu Experimenten, mit der Möglichkeit des mobilen Zugriffs.

– Examples: Verschiedene Beispiele, wie das System verwendet werden kann, werden vorgestellt, einschließlich Buch-Browser, Einzel-/Doppelseiten-Layout, JSON-Snips und kreative Collagen.

– Acknowledgements: Dank geht an Jan Goeman für technische Unterstützung und an verschiedene Förderorganisationen.

Das Poster enthält auch grafische Darstellungen der Systemarchitektur, Beispiele für Benutzeroberflächen und Hinweise auf die Notwendigkeit eines Berechtigungssystems.

[weiter geht's in der Bildbeschreibung im zweiten Bild][Fortführung der Bildbeschreibung]

Hier speziell gezeigt ist ein Diagramm der Interoperation 

– API/Data Ingestion: Das System ist mit anderer Software interoperabel, erlaubt den Instrumenten, ihren Zustand zu senden und Benutzer können diskutieren und kommentieren. Es gibt eine öffentliche JSON-Schnittstelle für standardisierte Snips und API-Tokens für die Authentifizierung.

– Snip Types: Es gibt grundlegende Snip-Typen wie Bilder, Text und Kritzeleien (Doodles) sowie Verlinkungen zu wissenschaftlichen Datenbanken und benutzerdefinierte Snip-Typen für verschiedene wissenschaftliche Zwecke.

– Current Status & Outlook: Das System hat eine Client-Server-Architektur mit einer Frontend-Implementierung in TypeScript und React. Es wird bereits am GINIX Röntgenmikroskop (DESY, Hamburg) eingesetzt und ist in die Entwicklung weiterer Strahlungslinien integriert. Weitere Integration in IRP-Systeme und Laborprozesse sind in Arbeit.
2023-10-05

Achtung Achtung, hier ist 1 wichtiges Poster, wa! Ick zeig Dir hier, wie #Laborbuch heute geht, wa! Kannste auch mit den Hufen drin malen, wa!

#snip #ELN #Daphne #NFDI #digitalLabBook #ElectronicLaboratoryNotebook

Strickhorn über wissenschaftlichem Poster

Client Info

Server: https://mastodon.social
Version: 2025.04
Repository: https://github.com/cyevgeniy/lmst