Solución por si alguien lee esto en el futuro.
Hay que usar #PhotoRec https://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk_Download
Es gratuito y open source, para todas las plataformas.
Analiza los contenidos que encuentra en el pendrive aunque no tenga formato y consigues recuperar los datos, aunque luego tienes que buscarte la vida para ponerle el nombre a cada cosa.
#RecuperaciónDatos
Como apunte adicional, en virustotal había uno que marcaba photorec como infectado, así que les contacté y lo corrigieron.