Simulating even the simple C. elegans worm is tough. OpenWorm's been at it 13 years. Running the basic code shows just how complex life is, even at this scale. Far from a digital copy. #OpenWorm #Simulation #Complexity

[Перевод] Червь, которого не может взломать ни один компьютер

Когда я запустила первую симуляцию червя, ветра Санта-Аны дули уже сильно. Я не хакер, но это было просто: открываешь оболочку терминала, вставляешь команды из GitHub и наблюдаешь за бегущим по экрану каскадом символов. Совсем как в фильмах. Пока я искала в пролетающем перед глазами коде узнаваемые слова — neuron , synapse — ко мне подошёл друг, чтобы пойти со мной на ужин. «Секунду. Я тут прогоняю на компьютере червя», — крикнула я ему из офиса. В корейском ресторане царил хаос: ветер клонил пальмы и гонял магазинные тележки по парковке. Атмосфера казалась сюрреалистичной, похожей на подкаст, проигрываемый с удвоенной скоростью. «Чем ты там занимаешься? Киберпреступлениями?», — спросил друг. Я попробовала ему объяснить: «Нет, не червя типа Stuxnet. Настоящего живого червя». Когда я добралась домой, было уже темно, а в Альтадене уже загорались первые искорки пожаров. На моём ноутбуке меня ждал червь в объёмной пиксельной коробке. Заострённый с обоих концов, он висел в тумане из частиц, странно прямой и неподвижный. Разумеется, он никогда не был живым. Но мне он казался мертвее мёртвого. «Браво», — сказал мне Стивен Ларсон, когда я написала ему тем же вечером, — «вы добились состояния «hello world» в симуляции».

https://habr.com/ru/companies/ruvds/articles/896824/

#нематоды #c_elegans #моделирование_биологических_систем #openworm #ruvds_перевод

A long article about simulating nematode brains. #science #openworm

https://asteriskmag.com/issues/09/we-can-must-and-will-simulate-nematode-brains

🐛💻 Oh, look! Another riveting tale of how the brightest minds in computer science can't even nail down a common worm. 🥳 Thirteen years of digital poking and prodding, and the C. elegans is still living its best life in the land of mystery. Bravo, #OpenWorm, for keeping failure fashionable! 👏
https://www.wired.com/story/openworm-worm-simulator-biology-code/ #computerScience #digitalWorms #techMystery #codingChallenges #innovationFailures #HackerNews #ngated

C. Elegans: The Worm That No Computer Scientist Can Crack

https://www.wired.com/story/openworm-worm-simulator-biology-code/

#HackerNews #C_Elegans #ComputerScience #Worms #Bioinformatics #OpenWorm

As a former C. elegans researcher (looking at the genome sequence) I find #OpenWorm a fascinating project.
https://techhub.social/@Techmeme/114233677747136274

#OpenWorm aims to build the first comprehensive computational model of Caenorhabditis elegans (C. elegans), a microscopic roundworm by simulating the 302 neurons and 95 muscle cells.

https://github.com/openworm/OpenWorm

#simulation #brain #neuralnetwork

OpenWorm: Computational model of C. elegans
https://github.com/openworm/OpenWorm
https://en.wikipedia.org/wiki/OpenWorm
https://news.ycombinator.com/item?id=36628258

Open science project OpenWorm simulates the roundworm Caenorhabditis elegans at the cellular level.
A deep, principled understanding of the biology of this organism remains elusive.
The long-term goal is to model all 959 cells of C. elegans. This bottom up simulation is pursued by the OpenWorm community.

#Celegans #OpenWorm #ComputationalBiology #bioinformatics #connectome

🌖 GitHub - openworm/OpenWorm: Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題的主要Dockerfile存儲庫
➤ OpenWorm的主要Dockerfile存儲庫，包含Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題。
✤ https://github.com/openworm/OpenWorm
這是OpenWorm的主要Dockerfile存儲庫，包含Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題。它提供了自動化任何工作流程、主機和管理套件、安全性、代碼空間、AI代碼寫作、代碼審查、代碼更改管理等功能。
+ 這個存儲庫提供了很多有用的功能，對於OpenWorm項目來說非常重要。
+ 這個存儲庫的Dockerfile非常方便，可以快速構建和運行Openworm軟體堆疊。
#GitHub #OpenWorm #Dockerfile

Throwback to "Periodicity in the embryo: emergence of order in space, diffusion of order in time" with @bradly_alicea and Ujjwal Singh

https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104405
@sciencedirect
Biosystems
@OREL

#embryo #embryogenesis #periodicity #develompent #evodevo #bio #biology #embodiment #developmentalbiology #OREL #CognitionFutures #DevoWorm #openworm #celegans

#openworm opened up recurring contributions with OpenCollective https://opencollective.com/openworm
It's a pretty nice site: you'll be able to see what the funds are spent on and contribute directly to specific things, like studentships