Happy 2026 everyone! Here's a Binomica labs retrospective post. An amateur independent researcher's perspective on genome sequencing, academic conferences and approaching research themes undertaken through 2025
#independentresearch #archaea #microbiology #conference
https://naturepoker.wordpress.com/2025/12/31/welcoming-2026-independent-research-retrospective/
New #ISEPpapers! Eukaryotic Recombinases Duplicated After Divergence From Known Asgard Archaeal RadA: Implications for the Evolution of Sex During Eukaryogenesis https://academic.oup.com/gbe/article/17/12/evaf240/8402114 by Lisa Matsuo, @DacksLabECB
"The rise of the eukaryotes was one of the most important events in Earth’s history. If it had not occurred, there would be no great white sharks, no towering redwood trees, no hovering hummingbirds and no people. Just slimy layers of bacteria and archaea, everywhere. And the Asgard archaea may have started it all."
https://www.sciencenews.org/article/cells-origin-of-life-asgard-archaea
#Life #Eukaryotes #Archaea #Asgard #Cells #Biology #Evolution #Genetics
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 10/12/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de imágenes
Inicio: 11:40
Pausa: 13:00
reanudo: 17:00
Fin: 21:00
EQP:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
Complex #life began to develop earlier, and over a longer span of time, than previously believed.
Nee findings indicate that complex organisms evolved long before there were substantial levels of #oxygen in the #atmosphere, something which had previously been considered a prerequisite to the #evolution of complex life.
The #earth is approximately 4.5 billion years old, with the first #microbial life forms appearing over 4 billion years ago.
These organisms consisted of two groups – #bacteria and the distinct but related #archaea, collectively known as #prokaryotes.
Prokaryotes were the only form of life on earth for hundreds of millions of years, until more complex eukaryotic cells including organisms such as #algae, #fungi, #plants and #animals evolved.
Previous ideas on how and when early prokaryotes transformed into complex #eukaryotes has largely been in the realm of speculation. Estimates have spanned a billion years, as no intermediate forms exist and definitive fossil evidence has been lacking.
By collecting evidence from multiple #gene families in multiple biological systems and focusing on the features which distinguish eukaryotes from prokaryotes, researchers were able to begin to piece together the developmental pathway for complex life.
They obtained evidence that the transition began almost 2.9 billion years ago – almost a billion years earlier than by some other estimates – suggesting that the nucleus and other internal structures appear to have evolved significantly before #mitochondria.
The process of cumulative complexification seems to have taken place over a much longer time period than previously thought.
#biology
https://www.bristol.ac.uk/news/2025/december/complex-life-developed-earlier-than-previously-thought-new-study-reveals.html
Paper by Kay et al. (2025): https://www.nature.com/articles/s41586-025-09808-z
#LABioinformacionEnLinea
#Laboratorio Virtual #BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Biotecnología #UnADM
#TeamArchaea #Archaea
#SMA20261 #MatemáticasAplicadas2025
🗓️Fecha: 08/12/2025
cursos de redacción modulo1 fundamentos de redacción
Inicio: 16:00
Pausa: 19:00
reanudo:20:00
termino: 22:30
EQUIPO
1. @lma
2. @jahm110517
3. @israelmv
4. @KarenHerrera
5. @t0r120
6. @milanromglez17
7. @lupitabiotec
8. @malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 08/12/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de artículo
Inicio: 9:50
Pausa: 11:00
reanudo: 14:30
Fin: 18:30
EQP:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 04/12/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de artículo
Inicio: 10:50
Pausa: 1:20
reanudo: 3:50
Fin: 7:50
EQP:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
wow... crawling motility in Asgard #archaea!! www.biorxiv.org/content/10.1... look at these crazy moves!! Let's face it, what these cells want for Christmas is #cilia... the best type of motility appendage...
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 02/12/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de artículo
Inicio: 10:50
Pausa: 13:00
reanudo: 16:00
Fin: 18:10
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 01/12/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de artículo
Inicio: 10:20
Pausa: 12:28
reanudo: 18:40
Fin: 21:00
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 27/11/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Estandarización de figuras artículo
Inicio: 16:40
Fin: 20:20
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 26/11/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Finalización Artículo
Inicio: 15:00
Fin: 19:00
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 25/11/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Finalización Artículo
Inicio: 15:10
Fin: 19:10
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
#LABioinformacionEnLinea
#Laboratorio Virtual #BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Biotecnología #UnADM
#TeamArchaea #Archaea
#SMA20261 #MatemáticasAplicadas2025
🗓️Fecha: 25/11/2025
Documentos administrativos
Inicio: 15.00
Pausa: 18:35
reanudo:
pausa:
reanudo:
termino:
EQUIPO
1. @lma
2. @jahm110517
3. @israelmv
4. @KarenHerrera
5. @t0r120
6. @milanromglez17
7. @lupitabiotec
8. @malu_vel
#LABioinformacionEnLinea
#Laboratorio Virtual #BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Biotecnología #UnADM
#TeamArchaea #Archaea
#SMA20261 #MatemáticasAplicadas2025
🗓️Fecha: 24/11/2025
Documentos administrativos
Inicio: 18:30
Pausa: 20:50
reanudo:21:00
pausa:
reanudo:
termino: 24:00
EQUIPO
1. @lma
2. @jahm110517
3. @israelmv
4. @KarenHerrera
5. @t0r120
6. @milanromglez17
7. @lupitabiotec
8. @malu_vel
@bioinformacion
#LABioinformacionEnLinea
Laboratorio Virtual BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Bioliteratura #EnseñanzaBiología #TeamArchaea #Archaea
🗓️Fecha: 24/11/2025
Laboratorio Virtual BIOinformación
Actividades
-Proyecto PAPIME
- Conclusiones Artículo
Inicio: 17:00
Fin:20:10
EQUIPO:
1. @lma 2.@jahm110517 3. @israelmv 4.@KarenHerrera 5. @milanromglez17 6. @keniamunoz 7.@mariafernandamendoza 8. @Zamoranaya 9.@malu_vel
Hmm. I've been running an informal toy test comparing brute force alignment based #archaea gene annotation VS a 3rd party pipeline using structural predictions & search. Brute force method 'seems' to perform better in resolving function to hypothetical proteins. Not sure how this could be though
Stuff like this probably isn't represented in our common annotation pipelines I'm guessing. I'm both intrigued by the possibility and worried by all the stuff I'm likely missing.
An archaeal genetic code with all TAG codons as pyrrolysine | Science
https://www.science.org/doi/abs/10.1126/science.adu2404?af=R
#LABioinformacionEnLinea
#Laboratorio Virtual #BIOinformación
#BIOliteratura #PE203625 #Zotero #Biotecnología #UnADM
#TeamArchaea #Archaea
#SMA20261 #MatemáticasAplicadas2025
🗓️Fecha: 21/11/2025
Actividades
Diapositivas proyecto
Inicio: 15:00
Pausa: 17:00
reanudo:17:30
pausa:
reanudo:
termino: 23:30
EQUIPO
1. @lma
2. @jahm110517
3. @israelmv
4. @KarenHerrera
5. @t0r120
6. @milanromglez17
7. @lupitabiotec
8. @malu_vel
